Hamburger Forschende stellen neue Methode für komplexe Pflanzengenome vor

Forschende der Universität Hamburg haben eine neue bioinformatische Methode zur Analyse komplexer Pflanzengenome vorgestellt. Die Pipeline mit dem Namen BiTUGA wurde nach Angaben der Universität in der Fachzeitschrift G3: Genes|Genomes|Genetics veröffentlicht. Entstanden ist die Arbeit in Zusammenarbeit mit dem Zentrum für Bioinformatik und dem Thünen-Institut für Forstgenetik.

Warum große Genome die Analyse erschweren

Genomweite Assoziationsstudien suchen nach Zusammenhängen zwischen genetischen Varianten und beobachtbaren Merkmalen. Bei sehr großen und komplexen Genomen wachsen Datenmenge und Rechenaufwand stark. Häufig setzen gängige Verfahren außerdem ein geeignetes Referenzgenom voraus.

BiTUGA arbeitet ohne Referenzgenom

Nach Darstellung der Universität ist die neue Pipeline für referenzunabhängige genomweite Assoziationsstudien angelegt. Sie soll dadurch auch dort eingesetzt werden können, wo ein gut ausgearbeitetes Referenzgenom fehlt. Die Nachricht beschreibt eine methodische Entwicklung; sie belegt noch keinen unmittelbaren praktischen Einsatz in Züchtung oder Naturschutz.

Die beteiligten Institutionen

• Universität Hamburg, Fachbereich Biologie
• Zentrum für Bioinformatik
• Thünen-Institut für Forstgenetik

Solche Verfahren können Forschung zu genetisch vielfältigen oder besonders großen Pflanzengenomen erleichtern. Welche Resultate sich damit in einzelnen Arten erzielen lassen, muss in weiteren Anwendungen gezeigt werden. Für den norddeutschen Forschungsstandort ist die Kooperation bemerkenswert, weil sie universitäre Bioinformatik und angewandte Forstgenetik verbindet.